Компания «Яндекс» уведомила пользователей «Яндекс.Закладок» о закрытии сервиса 13 апреля 2015 г. После этого доступа к сервису и хранимым в нем закладкам больше не будет. Их можно распределять по папкам (рубрикам), автоматическая система регулярно проверяет ссылки на предмет доступности и помечает те, которые уже не действуют. Закладки «Яндекса» интегрированы с «Яндекс.Баром» — панелью инструментов для браузеров.

Всем, кто пользовался этим сервисом, в «Яндексе» предлагают скачать html-файл с закладками на свой компьютер, чтобы затем посредством браузера импортировать файл с этими закладками на сервис «Яндекс.Диск».

Подробных комментариев по поводу причин, побудивших к закрытию сервиса, представители компании пока не предоставили. Один из таких — «Закладки Google». На сегодняшний день создано намного удобнее функцию, с помощью которой мобильные устройства могут передавать на ПК необходимые данные.